Sintoma:

Ao emitir uma nota de entrada própria a nota não aparece na listagem para envio para a SEFaz

Solução:

Outras notas de entrada aparecem? Se sim o problema deve ser apenas o tipo de nota : Nota de Terceiro ou Nota própria.

Somente notas de próprias, emitidas pelo cliente, aparecem na fila, quer sejam notas de entrada ou notas de saída.